Als eine noch lebende Leiche aus dem Meer geborgen wird, scheint der geheimnisvolle Mann (Damon) alles in seinem Leben vergessen zu haben, auch wer er war. Schließlich beginnt er sich an kleinere Details seines Lebens zu erinnern und findet bald heraus, dass sein Name Jason Bourne war. Was ihm nicht gefällt, sind die Waffe und die gefälschten Pässe, die ihm gehören. Nun reist Bourne mit seiner neuen Freundin Marie Helena Kreutz (Potente) auf der Suche nach seiner neuen Identität von Land zu Land. Aber jemand ist nicht glücklich, ihn lebendig zu sehen, und versucht verzweifelt, ihn aufzuspüren.